O Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM) é credenciado como Unidade Embrapii desde 2014, atuando com excelência em projetos de inovação nas áreas de biotecnologia industrial e biotecnologia aplicada à saúde. Com infraestrutura de ponta e profissionais qualificados, a Unidade desenvolve soluções em bioprocessos, bio e nanomateriais, biocombustíveis, processos de descoberta de fármacos e testes de diagnóstico – sendo integrante da Rede Vírus do MCTI.
Por meio do modelo Embrapii, as empresas podem desenvolver projetos em parceria com o CNPEM de forma ágil e sem burocracia. O financiamento é em fluxo contínuo, com recursos não reembolsáveis que cobrem até 1/3 do valor do projeto. A negociação, aprovação e contratação são feitas diretamente com o CNPEM, e é possível combinar os recursos Embrapii com outros mecanismos de fomento, como Lei da Informática, P&D ANP, P&D ANEEL e Lei do Bem.