Em atendimento à legislação federal, Instrução Normativa TCU nº 63/2010 e demais normas de prestação de contas aplicáveis até o ano de 2018. A partir do exercício de 2019, o TCU estabeleceu a elaboração do Relatório de Gestão (RG) na forma de Relatório Integrado (RI), com base na Estrutura Internacional de Relato Integrado. A prestação de contas do CNPEM passou a fazer parte e ser elaborada pelo órgão supervisor Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações.